Une jurisprudence européenne qui change la donne:

Ce que dit la jurisprudence européenne. - A l'occasion de litiges opposant des salariés à leurs employeurs au Royaume-Uni et en Allemagne, la Cour de justice des communautés européennes (CJCE) a apporté des précisions sur l'incidence de la maladie sur les droits à
congés payés.
Selon la (Cour de justice des Communautés européennes), la réglementation européenne (dir. 2003/88 du 4 novembre 2003, art 7 § 1) «s'oppose à des dispositions ou à des pratiques nationales qui prévoient que le droit au congé annuel payé s'éteint à l'expiration de la période de référence et/ou d'une période de report fixée par le droit national même lorsque le travailleur a été en congé de maladie durant tout ou partie de la période de référence et que son incapacité de travail a perduré jusqu'à la fin de sa relation de travail, raison pour laquelle il n'a pas pu exercer son droit au congé annuel payé».
En pratique, cette jurisprudence pourrait faire évoluer les choses en France.
Incidence en France pour un salarié malade avant de partir en congés payés. Jusqu'alors,
la position de référence consistait à considérer que lorsqu’un salarie tombait malade avant de partir en congés, il perdait ses droits à congés payés s’il reprenait le travail après l'expiration de la période de prise des congés payes, sauf usage ou accord collectif contraire (cass. soc. 4 décembre 1996, n 93-44907, BC V n° 420). Si l'on s'en tient à la nouvelle jurisprudence européenne, il faut considérer que le salarié ne perd pas ses droits à congés payés, qui sont simplement reportés. La Cour de justice des Communautés européennes pourrait donc amener la Cour de cassation à infléchir sa position, si un litige lui en fournit l'occasion, et à aligner sa solution sur celle déjà retenue en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle

(Cass. soc. 27 septembre 2007, n° 05-42293, BC V n° 147). CJCE, 20 janvier 2009, affaire. C-350/06 et C-520/06 ; mardi 3 février 2009 RF SOCIAL